恭喜下列獲獎學生、助理及博士後。
| 年度 | 獎項 | 獲獎人 | 所屬實驗室 |
| 2022 | 2022亞太肝臟研究學會肝癌主題國際會議最佳口頭報告獎 | 鄭文睿醫師 | 楊懷壹實驗室 |
| 2022 | 台灣盃默克年輕科學人獎-化學領域/口頭發表組/特優獎 | 陳玫華 | 李宗璘實驗室 |
| 2022 | 國際會議13th HOPE Meeting - Best Team Presentation Award (Team I) | 宋佩珊 | 謝世良實驗室 |
| 2022 | 2022美國研究病理學會實習學者獎 | 李俐潔 | 蕭宏昇實驗室 |
| 2021 | 第31屆王民寧-國內各大學院校醫藥相關研究所暨學術研究機構優秀論文獎 | 蔡宗佑 | 謝世良實驗室 |
| 2021 | 2021臺大－Reaxys獎 | 陳江昀 | 吳宗益/翁啟惠實驗室 |
| 2021 | 2021臺大－Reaxys獎 | 許哲維 | 方俊民實驗室 |
| 2021 | 第17屆國際病毒性肝炎及肝病大會書卷獎與年輕研究學者獎 | 林歆哲 | 楊懷壹實驗室 |
| 2021 | 科技部-109年度博士後研究人員學術著作獎 | 廖心瑜 | 翁啟惠實驗室 |
| 2020 | 第30屆王民寧獎-國內醫藥研究機構優秀論文獎 | 邱莉婷 | 洪上程實驗室 |
| 2020 | 永信李天德醫藥基金會第十六屆傑出論文獎 | 劉津秀 | 林國儀實驗室 |
| 2020 | 財團法人肝病防治學術基金會109年度優秀論文獎 | 詹明賢 | 蕭宏昇實驗室 |
| 2020 | 科技部108年度大專學生研究計畫研究創作獎 | 馮聖然 | 蕭宏昇實驗室 |
| 2019 | 第二十九屆王民寧獎-國內醫藥研究所博士班優秀論文獎 | 宋佩珊 | 謝世良實驗室 |
| 2019 | 科技部-107年度博士後研究人員學術著作獎 | 黃世嘉 | 李文華實驗室 |
| 2019 | 科技部-107年度博士後研究人員學術著作獎 | 吳忠霖 | 林國儀實驗室 |
| 2019 | 科技部-107年度博士後研究人員學術著作獎 | 張尚麟 | 張典顯實驗室 |
| 2019 | 11th HOPE Meeting with Nobel Laureates | 張御展 | 蕭宏昇實驗室 |
| 2019 | 第七屆全球青年科學家高峰會 | 張御展 | 蕭宏昇實驗室 |
| 2019 | 第七屆全球青年科學家高峰會 | 施耀翔 | 陳韻如實驗室 |
| 2018 | 王民寧基金會國內醫藥研究所博士班優秀論文獎 | 曾子豪 | 翁啟惠實驗室 |
| 2018 | 科技部106年度博士後研究人員學術著作獎 | 黃俊凱 | 李文華實驗室 |
| 2017 | 王民寧基金會國內醫藥研究所博士班優秀論文獎 | 林津瑋 | 吳宗益實驗室 |
| 2017 | 王民寧基金會國內醫藥研究所博士班優秀論文獎 | 陳容慈 | 翁啟惠實驗室 |
| 2017 | 台灣生化學會秋令營口頭論文競賽第一名 | 李振誠 | 阮麗蓉實驗室 |
| 2017 | 台灣生化學會秋令營壁報論文競賽獎 | 施耀翔 | 陳韻如實驗室 |
| 2017 | 中國化學年會優秀壁報獎-有機化學組 | 侯仲謙 | 鄭偉杰實驗室 |
| 2017 | 中國化學年會-大專生化學新秀研究論文獎 | 陳巧文 | 鄭偉杰實驗室 |
| 2017 | 中國化學會論文競賽-分析化學組優等獎 | 陳貞均 | 翁啟惠實驗室 |
| 2017 | 中國化學會論文競賽-新創藥物組-優等獎 | 林津瑋 | 吳宗益實驗室 |
| 2017 | 中國化學會優秀壁報論文獎-有機化學組 | 許嘉云 | 方俊民實驗室 |
| 2017 | 國防生科所第17屆研究生論文研討會-論文比賽佳作 | 張御展 | 蕭宏昇實驗室 |